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注册深圳市个体工商户的流程如下：

一、准备材料
1、经营者身份证明
经营者本人的身份证明原件及复印件。
2、经营场所使用证明
自有房产提交房屋产权证复印件；
租赁房屋提交租赁协议复印件以及出租方的房屋产权证复印件。有关房屋未取得房屋产权证的，属城镇房屋的，应提交房地产管理部门的证明或者竣工验收证明、购房合同及房屋销售许可证复印件；属非城镇房屋的，应提交当地政府规定的相关证明。出租方为宾馆、饭店的，提交宾馆、饭店的营业执照复印件。
3、申请书
填写《个体工商户开业登记申请书》。

二、办理流程
1、名称预先核准（如需）
如果需要为个体工商户取一个特定的名称，可以先到当地市场监督管理部门进行名称预先核准。不过现在很多地方简化了流程，可以在开业登记时直接填写名称相关内容，无需单独进行名称预先核准。
2、提交申请
到经营场所所在地的市场监督管理所或政务服务中心的市场监管窗口提交上述准备好的材料。
3、审核
工作人员会对提交的材料进行审核，如果材料不齐全或者不符合要求，会告知申请人补充或者修改。
4、领取营业执照
审核通过后，申请人就可以领取营业执照。现在一般可以通过邮寄的方式领取，也可以到指定地点现场领取。

三、后续事项
1、刻章备案
领取营业执照后，根据自身业务需求，可到公安机关指定的刻章点刻制印章，并进行备案。
2、税务登记
根据规定，个体工商户应当自领取营业执照之日起30日内，向当地税务机关申报办理税务登记。目前很多地区实行“多证合一”，在领取营业执照时已包含税务登记信息，但仍需到税务机关进行一些基础信息的确认和税种核定等操作。